楚党和东林的交恶，当时的翰林院编修孙承宗是见证人，孙承宗把事情的来龙去脉跟朱由校讲了一遍。

在妖书案中，郭正域受到当时的内阁首辅沈一贯的诬陷。自此之后，郭正域厌恶官场中的尔虞我诈，早已视功名利禄于浮云，回乡后即以讲学为要，劝廷弼不要插手其间。熊廷弼不肯，他联合楚人继续努力。

然而，顾宪成为了让李三才入阁，他写了《救漕抚书》，这篇文章在邸报上传开，局势变得扑朔迷离，郭正域进阁更加渺茫。

失望之余，熊廷弼也有了情绪，这让吏部尚书孙丕扬很为难。

此时，因韩敬科考案波及江南，生员对官府极不信任，彼此间严重对立，矛盾难以化解。有人建议让熊廷弼去：“南中人才盛，非文望莫能鉴；士风悍，非武望不能慑。熊科名高，有文武风，裁宜以往。”

为了缓解熊廷弼的情绪，孙丕扬特任命他去南直隶任提学御史，离开京城这是非之地。

后来，熊廷弼去南京上任。那时，他牵挂着边防安危，痛苦多年积累的经验、满腹军事韬略，从此埋入深渊无人识。更难以释怀的是亲家翁满腹经纶却倍受冷落，其中的滋味谁人知？熊廷弼的心充满悲愤与无奈。

督学南畿的第二年，正逢东林书院领袖顾宪成的长子顾舆淳参加乡试，一头撞在了熊廷弼的枪口上。熊廷弼将他置于末等，名落孙山后，显然就是不让他进入仕途。

这说明什么呢？熊廷弼恨顾宪成，恨他身为郭正域的密友，在入阁问题上竟站在了李三才身边，让郭正域满腹经纶，却没有施展志向的机会。

万历四十年，郭正域去世，享年五十八岁。郭正域离世，对熊廷弼打击非常大。他无法承受失去亲家翁又是密友的沉重打击，把怒气发泄在东林身上。从考课至督导，只要生员犯错，多半予以杖责。即使成绩优秀者，只要感其心术不正还是要杖打，杖击成了他的家常便饭。熊廷弼暴戾离奇的行为，终于引起学生家长的不满，他们冲进督馆，抢走受杖击的儿子不说，还纷纷告到衙门。

然而，熊廷弼又很尽职，只要乡试，他都要把举子的试卷全部取来亲自批阅，凡有高明者，都要拔擢出来。熊廷弼批阅试卷很奇特，他喜欢把几条长凳连接起来，把试卷一字儿鳞摊于长凳上，再于长凳左右各置酒一坛，剑一柄。他手操朱笔，一目数行，每当读得佳作，拍案叫绝，大樽痛饮。若遇荒谬劣作下品，则摇头叹气，手挥剑狂舞一回，以抒胸中郁气。

熊廷弼还大量提拔寒微之士，又黜退江南许多名士及乡绅津要子弟，其中尤以东林子弟居多。受其处罚的生员亦与东林有关，弄得怨声载道。熊廷弼行事如此，确实令人匪夷所思。也许在他内心深处，无法忍受郭正域被人遗忘，从而迁怒东林。而郭正域被谋杀，更让他恨东林入骨。顾宪成去世后，按例，作为名贤，顾宪成享有立祠的权力，熊廷弼对此却十分勉强。只是迫于公议，勉强从之。

孙承宗讲完了这番旧事，皇帝听得连连点头。

“孙先生，朕觉得最好和熊廷弼见一面，这样辽东前线的很多事说得明白。”

“陛下所言有理，但是现在形势危急，辽东经略驻守在沈阳城，他不能离开前线太长时间。否则容易给东虏可趁之机。”

“沈阳离京城多远距离？”

“回陛下，一千四百多里地。”

“沈阳离山海关多远距离？”

“八百多里地。”

“那朕去巡视山海关，让熊廷弼到山海关来见朕。”

“皇上万金之躯还是不要随意出京。”

“朕心意已决，再说现在关内还是安全的。朕不能做宫闱中的金枝玉叶，经不起一点风吹雨打。你是朕选的内阁首辅，应该以朕之心为心。”

“是，仆想得太迂腐了。”

“明日，你跟朕去巡视京营。”

“是，陛下，仆立刻安排。”

“不行，朕要瞧瞧地去，你提前知会官员，他们会把京营的问题藏起来，朕去巡视就没有意义了。”

“这有些危险吧，万一碰上士兵哗变怎么办？”

“哗变就哗变，朕就是看看真实的京营。有锦衣卫保护，没有什么好害怕的。”

十月初二，内阁首辅孙承宗陪同皇帝一起去京军十二团