在治河之初，皇帝下令给河道总督左光斗两个任务，一方面要保证运道的安全疏通，另一方面要解决侵害沿岸百姓的水灾问题。“保运”与“民生”缺一不可。

南运口是黄、淮、运三河交汇之地，也是治理运河的重点。

本来漕船走的不是南运口，走的是天妃闸。天妃闸离黄淮交汇处不过二百丈远，黄河水大时仍不免倒灌，致使运河时常淤垫，朝廷每年都要耗费大量的人力、物力进行挑浚工作，劳民伤财。

不仅如此，漕运也很不便利。由于两河交会，黄河水位高、淮河水位低，水流回旋淤，船只行驶十分困难。每逢载重量很大的船只出运口时，都要用多达七八百甚至上千人的牵挽民夫，鸣锣喊号，一齐用力牵拉，才能顶着湍流将船拉出运口，进入黄河。

如此过运口，一天下来，虽竭尽全力也只能通过二三十艘船，而过船之时，黄水乘机从启开的闸门涌进运河，有时竟能沿运河直抵沿岸的城池脚下，以运河为水源的居民只好将水澄清了以后再饮用。

经过实地踏勘，左光斗和徐霞客决定直接修一个新的南运口。新的南运口离黄淮交汇处有十几里远，且河曲折，又有清水下注，足以抵御黄河浊流内灌。退一步说，即使夏秋黄河暴涨，偶尔黄水入运河，不久黄水势退，清水畅流，仍然很快就会将淤泥冲刷掉，可保漕运无忧。以前每年挑浚运河所需的大量人力、物力也可以节省下来。

此外，运河不淤垫，运河中的水便不会溢入下河地区，从而也就减轻了下河的水灾。

从此以后，重运过淮，扬帆直上，如履坦途，昔鸣锣呼号、千人共挽巨艘的壮观景象一去不返。从闸上望去，只见运粮的大船、载货的商船、以及民间的木船，错落参差，在闸口管理人员的指挥下，井然有序地穿闸而过，无一阻滞。

改建完南运口，左光斗和徐霞客开始兴修运河大堤工程，最为艰难的是堵塞清水潭大决口。

清水潭水深能达到七八尺，泛滥成患。左光斗和徐霞客一直在工地上率领夫役们劳作，以“避深就浅”之计进行清水潭的堵筑工程。

所谓“避深就浅”之计，指避开潭中深水处，从浅水处筑堤堵口的办法。由于清水潭周围数百里之内全是芦草丛生的沼泽洼地，没有供筑堤的土可用，河道总督左光斗决定让回南方的漕船从北方携带适合筑堤的胶土到这儿，然后统计土方的多少给予运费。

胶土运来后，左光斗和徐霞客便指挥河工人员分头进行筑堤工作。他们先用运来的土在决口旁边的浅水处筑成两道堤，等筑到大约半里长时，将两堤尽头呈半环形内弯合龙，然后将围在两堤之中的水戽干，再从中取土接堤再筑，筑半里长后再以同样的方法合龙两堤，将水戽干，取土再筑。

如此一而再、再而三，多次重复这一从水中取土筑堤的办法，就解决了用土问题，同时还使夹在两堤间的河道被挖深。最后将两堤跟决口两旁的旧堤连接起来，便堵住了决口。

尽管左光斗和徐霞客才智不凡、一心为国为民造福。治河的过程也是困难重重、一波三折。

黄河流域冬干燥、夏秋多雨，在历史上一直是水旱频仍的地区。由于长期的泛滥、冲刷，黄河岸边很多地方既无田地，也无树木，只有片片被晒得发白的盐碱地和杂草丛生、蚊虫出没的泥沼洼地。这给施工带来了很大的困难：夏炎炎，岸边连遮荫的地方都没有；冬天朔风凛冽，顺着宽阔平坦的河长驱直下，扫得人脸上像刀割一样。

常年的风吹晒，使河工上的民工兵卒几乎都有一张黑黝黝的面孔，干燥的皮肤常常发生皲裂，一道道细小的口子稍一碰就会出血，眼睛红肿得像核桃一般。

为治河总指挥的左光斗和徐霞客二人常年奔走于各处施工场所，比这些民工兵卒也强不到哪里去。他们既要苦心筹划，又要监督指挥，还要随时缮写奏疏向皇帝汇报工程进展况，其工作之劳累可想而知。

尤其是徐霞客，经常下到工地上查验工程，又常独自沿河岸上下步行，测量水、相度地势，以寻求合理的解决办法，更不用报有多么辛苦。三十九岁的他，已经是满脸干皱、饱经风霜的模样，往民工堆里一站，如果不是那双明